翼王石达开听到变乱的消息后，急忙赶回天京；他见杀人太多，很不满意，责备韦昌辉不该滥杀无辜。韦昌辉见石达开不满，又企图杀死石达开。石达开知道了消息，吓得连家门都没进，连夜逃走；杀红了眼的韦昌辉却把留在天京的石达开一家老小全部杀害。石达开逃到安庆召集部属，随即发兵杀回天京。韦昌辉听说石达开大军将至，惊恐之下就干脆破罐子破摔，每天都杀人泄愤。
韦昌辉的滥杀无辜和专横跋扈，激起了天京广大将士和人民的不满。石达开讨伐韦昌辉的大军逼近天京，天王洪秀全接受了将士们的要求，将韦昌辉处死，被逮捕的还有秦日纲及同伙两百多人，结束了天京历时两个月的恐怖统治。事后，洪秀全将两人首级派人送到石达开军中，石达开这才重新回到了天京辅政。
这件事以后，太平天国的四王皆去。石达开是个聪明人，平时善于拉拢人心、招揽人才。而洪天王经此大变，疑心重重，身边都是些阿谀奉承、挑拨离间的小人；他只相信自己的家族中人，就连对颇受军民爱戴的石达开也疑心重重，不肯重用，把政权分给了自己的两个昏庸无能的哥哥洪仁发和洪仁达，干预朝政，以牵制石达开。石达开对天王的做法非常伤心和不满，石达开小心翼翼地在天京待了半年多，生怕遭到暗算，于是决定出走天京。