翼王石达开听到变乱的消息后,急忙赶回天京;他见杀人太多,很不满意,责备韦昌辉不该滥杀无辜。韦昌辉见石达开不满,又企图杀死石达开。石达开知道了消息,吓得连家门都没进,连夜逃走;杀红了眼的韦昌辉却把留在天京的石达开一家老小全部杀害。石达开逃到安庆召集部属,随即发兵杀回天京。韦昌辉听说石达开大军将至,惊恐之下就干脆破罐子破摔,每天都杀人泄愤。
韦昌辉的滥杀无辜和专横跋扈,激起了天京广大将士和人民的不满。石达开讨伐韦昌辉的大军逼近天京,天王洪秀全接受了将士们的要求,将韦昌辉处死,被逮捕的还有秦日纲及同伙两百多人,结束了天京历时两个月的恐怖统治。事后,洪秀全将两人首级派人送到石达开军中,石达开这才重新回到了天京辅政。
这件事以后,太平天国的四王皆去。石达开是个聪明人,平时善于拉拢人心、招揽人才。而洪天王经此大变,疑心重重,身边都是些阿谀奉承、挑拨离间的小人;他只相信自己的家族中人,就连对颇受军民爱戴的石达开也疑心重重,不肯重用,把政权分给了自己的两个昏庸无能的哥哥洪仁发和洪仁达,干预朝政,以牵制石达开。石达开对天王的做法非常伤心和不满,石达开小心翼翼地在天京待了半年多,生怕遭到暗算,于是决定出走天京。