当时，臣子们的抗议奏章像雪片一样飞入宫中，万历根本不加理睬。他明白，只要他在奏章上加上任何一道朱批，不论是激烈的指责还是冷静的分析，不论是惩罚还是表彰，都只会招来臣子们貌似忠诚的批评，这正好中了文官们的奸计，使他们达到沽名买直的目的而又暴露了自己缺乏雍容大气的胸怀。故此，《明史》称，“时帝倦勤，上章者虽千万言，大率屏置勿阅”。
这种前无古人后无来者的怠工造成的恶果是无法计算的，《明史·田大益传》中称：万历三十年，“时两京缺尚书三，侍郎十，科道九十四，天下缺巡抚三、布按监司六十六、知府二十五。大益力请简补，亦不听”。我们平常只听说某个时代官员太多，像高级官员差缺如此之多的时代，的确是万历皇帝所创造的奇迹。
此后，这种奇迹更到了登峰造极的地步：1610年，中央政府六个部，只有刑部才有长官（尚书），其他五个部全没有。六部之外的都察院长官都御史则空缺已达十年以上。按规定给事中要有五十人，御史要有一百一十人，但此时只有区区九人而已。吏部、兵部因无人签证盖印，致使上京候任的数千名文武候补官员无法赴任，长期滞留北京。锦衣卫没有一个法官，囚犯们都被关在监狱里，有的长达二十年之久也没有人问过一句话。他们在狱中用砖头砸自己，辗转在血泊中呼冤。囚犯们的家属聚集在长安门外，跪在地上遥向深宫中他们认为是神圣天子的万历皇帝号哭哀求，连路人也跟着他们哭。但万历依然没有任何反应。