初,灵帝末,黄巾余党郭太等复起西河白波谷,转寇太原,遂破河东,百姓流转三辅,号为“白波贼”,众十余万。卓遣中郎将牛辅击之,不能却。又闻东方兵起,惧,乃鸩杀弘农王,欲徙都长安。会公卿议,太尉黄琬、司徒杨彪廷争不能得,而伍琼、周珌又固谏之。卓因大怒曰:“卓初入朝,二子劝用善士,故相从,而诸君到官,举兵相图。此二君卖卓,卓何用相负!”遂斩琼、珌。而彪、琬恐惧,诣卓谢曰:“小人恋旧,非欲沮国事也,请以不及为罪。”卓既杀琼、珌,旋亦悔之,故表彪、琬为光禄大夫。于是迁天子西都。
初,长安遭赤眉之乱,宫室营寺焚灭无余,是时唯有高庙、京兆府舍,遂便时幸焉。后移末央宫。于是尽徙洛阳人数百万口于长安,步骑驱蹙,更相蹈藉,饥饿寇掠,积尸盈路。卓自屯留毕圭苑中,悉烧宫庙官府居家,二百里内无复孑遗。又使吕布发诸帝陵,及公卿已下冢墓,收其珍宝。
时,长沙太守孙坚亦率豫州诸群兵讨卓。卓先遣将徐荣、李蒙四出虏掠。荣遇坚于梁,与战、破坚,生禽颍川太守李昮、亨之。卓所得义兵士卒,皆以布缠裹,倒立于地,热膏灌杀之。
时,河内太守王匡屯兵河阳津,将以图卓。卓遣疑兵挑战,而潜使锐卒从小平津过津北,破之,死者略尽。明年,孙坚收合散卒,进屯梁县之阳人。卓遣将胡轸、吕布攻之。布与轸不相能,军中自惊恐,士卒散乱。坚追击之,轸、布败走。卓遣将李傕诣坚求和,坚拒绝不受,进军大谷,距洛九十里。卓自出与坚战于诸陵墓间,卓败走,却屯黾池,聚兵于陕。坚进洛阳宣阳城门,更击吕布,布复破走。坚乃埽除宗庙,平塞诸陵,分兵出函谷关,至新安、黾池间,以卓后。卓谓长史刘艾曰:“关东诸将数败矣,无能为也。唯孙坚小戆,诸将军宜慎之。”乃使东中郎将董越屯黾池,中郎将段煨屯华阴,中郎将牛辅屯安邑,其余中郎将、校尉布在诸县,以御山东。