攻破围困天京的江南大营后，指挥作战的东王杨秀清十分骄傲，把功劳都归于他一人，心存篡窃之心。杨秀清借口西线紧急，把北王韦昌辉、翼王石达开等人派到前线督师。天京后方只剩下天王和杨秀清自己，杨秀清认为时机已成熟，就假借天父的名义将天王洪秀全召到东王府，假装“天父”的口气要洪秀全封其为“万岁”。
洪秀全假装高兴。二人于是决定在下月杨秀清生日时，正式晋封。
洪秀全还宫后，一面命令宫内女兵防守皇城，以防东王偷袭；一面派人送密诏给在长江上游督师的北、翼二王，令他们火速返京，勤王护驾。韦昌辉得到密诏后，立即带领3000精兵赶回天京城外，在守城军官的配合下，趁着深夜悄悄进入城内，与燕王秦日纲合兵一处，攻入东王府。杨秀清和他的爱妃正在睡觉，被突然到来的秦日纲一刀杀死，刀刃穿出后背。
杨秀清被杀死后，韦昌辉和秦日纲把东王府男女数千人全部杀死，其中包括杨秀清的母亲及妾侍54人。
太平天国史专家罗尔纲在《太平天国领导集团内讧考》一文中这样解释“天京事变”发生的原因：“天京事变”是洪秀全和杨秀清之间矛盾的总爆发，杨秀清企图夺取太平天国的最高领导权，“逼封万岁”，可是洪秀全自然不让，密令韦昌辉把杨秀清杀死。